查看GOplot内示例数据的格式,对自己的数据做处理
观察结论：
观察自己的两个数据表：
table.legend 设置为T时会显示表格
本图中表格和图例是出图后剪切拼合而成,没有用R中的拼图包
前面我给大家详细介绍过
GO简介及GO富集结果解读
四种GO富集柱形图、气泡图解读
GO富集分析四种风格展示结果—柱形图,气泡图
KEGG富集分析—柱形图,气泡图,通路图
DAVID GO和KEGG富集分析及结果可视化
也用视频给大家介绍过
GO和KEGG富集分析视频讲解
最近有粉丝反映说,利用clusterProfiler这个包绘制GO富集分析气泡图和柱形图的时候,发现GO条目的名字都重叠在一起了.
气泡图
柱形图
我们知道R的版本在不停的更新,相应的R包也在不停的更新.我把绘制气泡图和柱形图相关的函数拿出来认真的研究了一下,终于发现的症结所在.
dotplot这个函数,多了个 label_format 参数
我们来看看这个参数究竟是干什么用的,看看参数说明
label_format :
是不是还是原来的配方,还是熟悉的味道
同样的柱形图,我们也能让他恢复原来的容貌.
关于如何使用R做GO和KEGG富集分析,可参考下文
ID转换用到的是 bitr() 函数,bitr()的使用方法：
org.Hs.eg.db包含有多种gene_name的类型
keytypes() ：keytypes(x),查看注释包中可以使用的类型
columns() ：类似于keytypes(),针对org.Hs.eg.db两个函数返回值一致
select() ：select(x, keys, columns, keytype, ...) eg.
函数enrichGO()进行GO富集分析,enrichGO()的使用方法：
举例：
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